Si le bâtiment date de 1836, la fondation de la paroisse réformée de langue française (Saint-Étienne et Saint-Paul étant de langue allemande alors parlée en Alsace), remonte à 1661 pour le culte d’officiers français huguenots en garnison à Neuf-Brisach et ayant demandé l’hospitalité à la République de Mulhouse. Pour que le souvenir des fondateurs de l’endroit reste gravé dans le cœur des huguenots, une épitaphe sculptée en bois a été fixée sur le mur en face de la chaire. Le temple St-Jean abrite depuis 1968 l’orgue construit en 1764-1766 par Jean-André Silbermann pour l’ancienne Stephanskirche. En 1972, l’orgue est totalement reconstruit suivant le plan primitif par Alfred Kern. Son buffet a été classé au titre objet par les Monuments historiques en 1992. À noter que le temple jouxte la synagogue bâtie en 1849.
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