Église édifiée par les Franciscains à Mulhouse, au XIIIe siècle pour le service de leur couvent et au destin compliqué.
Elle possède une nef à vaisseau unique couverte par un toit en croupe. Ses murs latéraux sont percés par des baies en arc en plein-cintre.
L'église est mise à sac par les partisans de la Réforme en 1529, en même temps que le couvent. Le bâtiment est utilisé comme arsenal et grenier d'abondance. A partir de 1661, il est utilisé pour le culte protestant.
En 1812, l'église est à nouveau dévolue au culte catholique et consacrée à saint Etienne. En 1860, une fois l'actuelle église catholique Saint Étienne achevée, l'édifice fut consacré à sainte Marie Auxiliatrice.
Le clocher est édifié entre 1811 et 1814, comme la façade actuelle. Le décor intérieur date principalement du début du XXe siècle.
Elle possède un bel orgue construit en 1834 par Joseph Callinet de Mulhouse et modifié en 1912 par Martin et Joseph Rinckenbach. Après un démontage dans les années 80, l'orgue a été entièrement rénové en 2013 par Hubert Brayé.
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